一、目前開展效益審計遇到的困難與問題
（一）沒有現成的審計操作模式可借鑒。效益審計與傳統的財務收支審計基本原理一致，都是通過會計等信息資料的收集，對某一經濟活動進行審計鑒定，作出客觀評價。但審計目的、重點與方法以及具體操作要求不同。效益審計已成為當今世界審計的主流，但在我國目前尚處于嘗試階段，探索與中國實際相結合的績效審計模式，是中國審計制度融入世界審計主流的重要條件，也是擺在當代審計人面前的一項重大課題。
（二）評價標準難以確定，具體指標的選擇有難度。效益審計最顯著的特點就是對審計對象經濟活動的經濟性和社會性、效率性和效果性等作出審計評價，而這必將涉及到如何運用具體的經濟指標、確定評價標準的問題。由于效益審計的對象千差萬別，衡量效益的批準、指標又很多，同樣的項目會有不同的衡量標準，不同的審計人員會有不同理解與判斷，得出不同的結論。
（三）信息資料的失真直接影響審計結果。我國財經領域的虛假行為還較為嚴重，特別是會計資料的失真行為，有一定的普遍性，這就給效益審計帶來很大的困難。審計人員必須在完成對被審事項財政財務收支的真實合法，對不真實不合法事項重新進行調整的前提下，才能實施效益審計。因此，住處資料的失真對開展效益審計會帶來很大的困難，將直接加大審計風險。
（四）審計人員素質滯后，跟不上形勢發展的需要。效益審計對象的復雜多樣性決定了審計人員必須具備多學科知識，由于長期以來財務收支審計占主導地位，對其他領域的知識運用不多，所以就目前而言，審計人員的知識面相對比較狹窄，這對開展效益審計工作將是一個很大的現實問題。
二、做好效益審計工作的幾點看法
（一）上下聯動，加強調研，為開展效益審計工作打下扎實的理論基礎。加強效益審計的調研工作，基層審計機關要及時向上級審計機關反映在實踐中遇到的困難和問題，提供豐富的第一手實踐材料，并提出自己的看法與見解；上級審計機關要及時匯總并分析實踐中遇到的困難和問題，聽取和征求多方意見，集思廣益，提出解決問題的思路與方法，制定出臺有關開展效益審計工作的措施辦法，以指導下級審計機關按統一規范要求開展效益審計工作。
（二）合理安排，循序漸進，逐步摸索效益審計新路子。效益審計是更高層次的審計監督，由傳統的財務收支審計向效益審計發展，已成必然。但就我國目前的經濟社會發展水平，對經濟秩序狀況以及審計工作質量和人員的總體素質而言，要達到這方面的要求，還有很長的路要走。所以在效益審計的試審階段或者起步階段，既不能操之過急，也不能裹足不前，要合理安排，循序漸進，逐步摸索出一條適合我國實際的效益審計新路子。
（三）加強培訓，提高素質，逐步培養一支適應新形勢新任務發展需要的具有多學科、復合型的審計人才。一方面要加強對現有審計人員的業務培訓，針對不同行業培養多種專業人才；另一方面要積極引進工程建設、信息管理、財政金融等方面的專業人才，使審計人員專業知識結構逐步趨于合理，為更好地開展效益審計提供人才保證。
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